https://June6699.github.io/tags/%E7%94%9F%E4%BF%A1/%E5%88%86%E6%9E%90/Recent content in 生信/分析 on June's BlogHugozh-cnSat, 28 Mar 2026 00:00:00 +0000https://June6699.github.io/posts/scenic+%E6%8B%86fragments/Sat, 28 Mar 2026 00:00:00 +0000https://June6699.github.io/posts/scenic+%E6%8B%86fragments/<h3 id="一问题背景">一、问题背景</h3> <p>在使用 SCENIC+ (pycisTopic) 的 <code>export_pseudobulk()</code> 函数，按细胞类型拆分 ATAC fragment 文件并准备进行 consensus peak calling 时，常常遭遇一系列难以排查的“幽灵”错误。</p> <p>主要表现为：明明输入的数据没有任何问题，程序却频繁提示临时文件不存在，或者在刚创建好临时文件准备写入时直接崩溃闪退。根本原因是底层的 <code>scatac_fragment_tools</code> 解析器对输入文件的格式、字典匹配以及 DataFrame 的索引有着极其严苛（且缺乏友好报错提示）的硬编码限制。</p>https://June6699.github.io/posts/atac%E7%9A%84transferanchor%E4%B8%8Eseurat%E7%89%88%E6%9C%AC%E9%97%AE%E9%A2%98/Wed, 18 Mar 2026 00:00:00 +0000https://June6699.github.io/posts/atac%E7%9A%84transferanchor%E4%B8%8Eseurat%E7%89%88%E6%9C%AC%E9%97%AE%E9%A2%98/<h3 id="一问题背景">一、问题背景</h3> <p>在使用 SnapATAC 的 <code>snapToSeurat()</code> 函数将 ATAC snap 对象转换为 Seurat 对象时，遭遇一系列版本兼容性问题。根本原因是当前环境安装的是 <strong>Seurat v5</strong>，而 SnapATAC 依赖 <strong>Seurat v4</strong> 的接口。</p> <hr> <h3 id="二报错流程与解决方案">二、报错流程与解决方案</h3> <h4 id="1-snaptoseurat-报错dimreduc-global-slot">1. snapToSeurat 报错：DimReduc global slot</h4> <p><strong>报错信息</strong></p>https://June6699.github.io/posts/pairtools%E5%A4%84%E7%90%86hic%E6%95%B0%E6%8D%AEbug%E8%A7%A3%E5%86%B3%E6%97%A5%E5%BF%97/Wed, 04 Mar 2026 00:00:00 +0000https://June6699.github.io/posts/pairtools%E5%A4%84%E7%90%86hic%E6%95%B0%E6%8D%AEbug%E8%A7%A3%E5%86%B3%E6%97%A5%E5%BF%97/<h2 id="一schi-c-核心原理概述">一、scHi-C 核心原理概述</h2> <p>scHi-C（single-cell High-throughput Chromosome Conformation Capture）是<strong>单细胞水平</strong>的染色质三维空间互作捕获技术，核心目标是解析单个细胞内染色质的<strong>多位点同时互作（Chromatin Hub）</strong>。 其实验核心原理：通过甲醛交联固定染色质天然空间构象，限制性内切酶切割基因组DNA，对<strong>空间邻近的不同染色质区段</strong>进行生物素标记与连接，形成跨多个基因组位点的<strong>嵌合DNA片段</strong>；利用高通量双端测序读取嵌合片段序列，通过生物信息学比对定位片段对应的基因组坐标，最终还原染色质的真实空间接触关系。 区别于群体细胞Hi-C，scHi-C 高度依赖**嵌合read（chimeric read）**的捕获与分析，这是识别单细胞多位点互作的核心数据特征。</p>