一、问题背景 在使用 SCENIC+ (pycisTopic) 的 export_pseudobulk() 函数，按细胞类型拆分 ATAC fragment 文件并准备进行 consensus peak calling 时，常常遭遇一系列难以排查的“幽灵”错误。 主要表现为：明明输入的数据没有任何问题，程序却频繁提示临时文件不存在，或者在刚创建好临时文件准备写入时直接崩溃闪退。根本原因是底层的 scatac_fragment_tools 解析器对输入文件的格式、字典匹配以及 DataFrame 的索引有着极其严苛（且缺乏友好报错提示）的硬编码限制。 ...
一、问题背景 在使用 SnapATAC 的 snapToSeurat() 函数将 ATAC snap 对象转换为 Seurat 对象时，遭遇一系列版本兼容性问题。根本原因是当前环境安装的是 Seurat v5，而 SnapATAC 依赖 Seurat v4 的接口。 二、报错流程与解决方案 1. snapToSeurat 报错：DimReduc global slot 报错信息 ...
一、scHi-C 核心原理概述 scHi-C（single-cell High-throughput Chromosome Conformation Capture）是单细胞水平的染色质三维空间互作捕获技术，核心目标是解析单个细胞内染色质的多位点同时互作（Chromatin Hub）。 其实验核心原理：通过甲醛交联固定染色质天然空间构象，限制性内切酶切割基因组DNA，对空间邻近的不同染色质区段进行生物素标记与连接，形成跨多个基因组位点的嵌合DNA片段；利用高通量双端测序读取嵌合片段序列，通过生物信息学比对定位片段对应的基因组坐标，最终还原染色质的真实空间接触关系。 区别于群体细胞Hi-C，scHi-C 高度依赖**嵌合read（chimeric read）**的捕获与分析，这是识别单细胞多位点互作的核心数据特征。 ...