HiRES单细胞三维基因组与转录组同步解析

📌 ① HiRES — Science, 2023 https://www.science.org/doi/10.1126/science.adg3797 Liu Z, Chen Y, Xia Q, et al. “Linking genome structures to functions by simultaneous single-cell Hi-C and RNA-seq.” *Science* 380, 1070–1076 (2023) 亮点: 1这是首篇真正实现单细胞水平同时测量染色质三维构象和基因表达的方法论文。作者开发了 HiRES(Hi-C and RNA-seq Employed Simultaneously)技术,并应用于数千个小鼠发育胚胎单细胞。研究发现,三维基因组结构在高度受细胞周期影响的同时,会随发育进程以细胞类型特异性方式逐渐分化。通过比较染色质互作与转录的拟时序动态,他们发现了广泛的"染色质重塑先于转录激活"现象,证明特异性染色质互作与谱系分化过程中的转录调控密切相关。 ...

2026年3月5日 · June

pairtools处理HIC测序数据

一、scHi-C 核心原理概述 scHi-C(single-cell High-throughput Chromosome Conformation Capture)是单细胞水平的染色质三维空间互作捕获技术,核心目标是解析单个细胞内染色质的多位点同时互作(Chromatin Hub)。 其实验核心原理:通过甲醛交联固定染色质天然空间构象,限制性内切酶切割基因组DNA,对空间邻近的不同染色质区段进行生物素标记与连接,形成跨多个基因组位点的嵌合DNA片段;利用高通量双端测序读取嵌合片段序列,通过生物信息学比对定位片段对应的基因组坐标,最终还原染色质的真实空间接触关系。 区别于群体细胞Hi-C,scHi-C 高度依赖嵌合read(chimeric read)的捕获与分析,这是识别单细胞多位点互作的核心数据特征。 ...

2026年3月4日 · June

如何解决Win11右键菜单冗余的问题

问题描述 当我们下载了某些软件后,右键菜单常常变得冗余,从而看起来很不舒服,如下图所示: 原因分析 Win11 的新版右键菜单采用了二级菜单设计(“显示更多选项”),当系统中安装了过多第三方软件时,这些软件会在右键菜单中注册大量菜单项。由于 Win11 的新菜单需要动态加载这些第三方菜单项,当菜单项过多或某些软件响应较慢时,就会出现"正在加载中"的提示,导致右键菜单响应迟缓,影响使用体验。 ...

2026年1月26日 · June