HiRES单细胞三维基因组与转录组同步解析

📌 ① HiRES — Science, 2023 https://www.science.org/doi/10.1126/science.adg3797 Liu Z, Chen Y, Xia Q, et al. “Linking genome structures to functions by simultaneous single-cell Hi-C and RNA-seq.” *Science* 380, 1070–1076 (2023) 亮点: 这是首篇真正实现单细胞水平同时测量染色质三维构象和基因表达的方法论文。作者开发了 HiRES(Hi-C and RNA-seq Employed Simultaneously)技术,并应用于数千个小鼠发育胚胎单细胞。研究发现,三维基因组结构在高度受细胞周期影响的同时,会随发育进程以细胞类型特异性方式逐渐分化。通过比较染色质互作与转录的拟时序动态,他们发现了广泛的"染色质重塑先于转录激活"现象,证明特异性染色质互作与谱系分化过程中的转录调控密切相关。 ...

2026年3月5日 · June

pairtools处理HIC测序数据

一、scHi-C 核心原理概述 scHi-C(single-cell High-throughput Chromosome Conformation Capture)是单细胞水平的染色质三维空间互作捕获技术,核心目标是解析单个细胞内染色质的多位点同时互作(Chromatin Hub)。 其实验核心原理:通过甲醛交联固定染色质天然空间构象,限制性内切酶切割基因组DNA,对空间邻近的不同染色质区段进行生物素标记与连接,形成跨多个基因组位点的嵌合DNA片段;利用高通量双端测序读取嵌合片段序列,通过生物信息学比对定位片段对应的基因组坐标,最终还原染色质的真实空间接触关系。 区别于群体细胞Hi-C,scHi-C 高度依赖**嵌合read(chimeric read)**的捕获与分析,这是识别单细胞多位点互作的核心数据特征。 ...

2026年3月4日 · June

2026 年终总结

研究生学习 2026年贯穿了我研一下半学期与研二上半学期,这一年在科研与学习上稳步推进,也迎来了不少新的挑战与突破。 在猪心脏相关课题上,我对原有内容做了进一步完善,重点修正了 SnapATAC 分析流程。流程的核心问题出在细胞类型命名上:若 Seurat 对象中的细胞类型名称包含 / 符号(如 Macrophage/Myeloid),系统会将其识别为路径层级,导致保存异常。修正后,对最终DAR结果的提升虽不显著,但分析逻辑更严谨、结果更可靠。 ...

2026年3月3日 · June

沈园遗梦:被消费的痴情与被牺牲的她

陆游与唐氏:爱情史诗(1125—1210) 注:陆游与原配唐氏的情事虽为后世广为传诵,然现存早期史料记载简略,宋人笔记所述亦多有参差抵牾。唐氏身份、二人离异之由、《钗头凤》唱和真伪等关键细节,学界历来存有争议,尚未形成统一定论,故事原貌仍有待进一步考辨厘清。 ...

2026年3月3日 · June

元宵佳节

今日元宵,在此祝各位元宵快乐、阖家团圆! 月上柳梢头,人约黄昏后 思越人·紫府东风放夜时 紫府东风放夜时,步莲秾李伴人归。 五更钟动笙歌散,十里月明灯火稀。 香苒苒,梦依依。天涯寒尽减春衣。 凤凰城阙知何处,寥落星河一雁飞。 宋·贺铸 东风吹起,京城元宵夜禁解除,步态轻盈、艳若桃李的游人相伴而归。五更钟声响起,笙歌散尽,十里长街明月高悬,灯火渐稀。香气袅袅,梦魂依依,天涯寒意褪尽,褪去冬衣换春衫。不知京城宫阙今在何处,只见寥落星河间,一只孤雁高飞。 鹧鸪天·建康上元作 客路那知岁序移,忽惊春到小桃枝。 天涯海角悲凉地,记得当年全盛时。 花弄影,月流辉。水精宫殿五云飞。 分明一觉华胥梦,回首东风泪满衣。 宋·赵鼎 漂泊在外,浑然不觉节序更迭,猛然惊觉春意已攀上桃枝。身处天涯海角这悲凉之地,犹记当年汴京全盛时的元宵盛景。花枝弄影,月光流辉,水晶宫殿上彩云飞舞。恍然一场繁华幻梦,回首东风,泪满衣襟。 踏莎行·元夕 拨雪寻春,烧灯续昼。暗香院落梅开后。 无端夜色欲遮春,天教月上官桥柳。 花市无尘,朱门如绣。娇云瑞雾笼星斗。 沈香火冷小妆残,半衾轻梦浓如酒。 宋·毛滂 拨开积雪寻觅春意,点灯续接白昼,梅花开后院落暗香浮动。夜色无端欲掩春色,天公却教明月照上官桥垂柳。花市纤尘不染,朱门华美如绣,柔云瑞雾笼罩星斗。沉香燃尽,妆容浅淡,半床薄被中的浅梦,浓烈如醇酒。 鹧鸪天·元夕有所梦 肥水东流无尽期。当初不合种相思。 梦中未比丹青见,暗里忽惊山鸟啼。 春未绿,鬓先丝。人间别久不成悲。 谁教岁岁红莲夜,两处沉吟各自知。 宋·姜夔 肥水东流永无歇止,当初真不该种下这相思情意。梦中相见犹不如画像真切,暗夜里忽被山鸟啼声惊醒。春色尚未染绿大地,双鬓已先斑白,人间别离日久,反不觉悲切。年年元宵灯夜,两地之人各自沉吟思念,唯有心知。 元宵 有灯无月不娱人,有月无灯不算春。 春到人间人似玉,灯烧月下月如银。 满街珠翠游村女,沸地笙歌赛社神。 不展芳尊开口笑,如何消得此良辰。 明·唐寅 有灯无月难成欢,有月无灯不成春。春到人间,人儿温润如玉;花灯映月,月华皎洁如银。满街珠翠是游赏的村女,笙歌沸地赛过社神祭典。若不举杯畅饮、开怀一笑,怎对得住这良辰美景。 正月十五夜 火树银花合,星桥铁锁开。 暗尘随马去,明月逐人来。 游伎皆秾李,行歌尽落梅。 金吾不禁夜,玉漏莫相催。 唐·苏味道 元宵灯火璀璨如火树银花交相辉映,宵禁解除,星桥城门洞开。马蹄过处轻尘飞扬,明月好似追着游人而来。歌女们艳若桃李,边走边唱《落梅》古曲。京城解除夜禁,计时的玉漏啊,莫要匆匆催走这良夜。 蝶恋花·密州上元 灯火钱塘三五夜,明月如霜,照见人如画。 帐底吹笙香吐麝,更无一点尘随马。 寂寞山城人老也!击鼓吹箫,却入农桑社。 火冷灯稀霜露下,昏昏雪意云垂野。 宋·苏轼 杭州元宵三五之夜灯火辉煌,明月如霜,映得游人美如图画。帐下吹笙,香气如麝般清雅,路上洁净无一丝尘土。而今身处寂寞山城,人也渐老,元宵唯有击鼓吹箫,走入农家桑社。灯火清冷稀疏,霜露降下,云层低垂,一片沉沉雪意笼罩原野。 永遇乐·落日熔金 落日熔金,暮云合璧,人在何处。 染柳烟浓,吹梅笛怨,春意知几许。 元宵佳节,融和天气,次第岂无风雨。 来相召、香车宝马,谢他酒朋诗侣。 中州盛日,闺门多暇,记得偏重三五。 铺翠冠儿,捻金雪柳,簇带争济楚。 如今憔悴,风鬟霜鬓,怕见夜间出去。 不如向、帘儿底下,听人笑语。 宋·李清照 落日如熔金,暮云如合璧,我却不知身在何处。浓烟染绿柳枝,笛声吹出梅花哀怨,春意几何?元宵佳节,天气融和,谁料不会转眼风雨。友人香车宝马相邀,我推却了酒朋诗侣。记得汴京繁盛时,闺中多暇,最重元宵三五。人人翠冠雪柳,打扮得齐整俏丽。如今憔悴不堪,鬓发斑白,怕在夜间出门,不如躲在帘儿底下,听旁人欢声笑语。 生查子·元夕 去年元夜时,花市灯如昼。 月上柳梢头,人约黄昏后。 今年元夜时,月与灯依旧。 不见去年人,泪湿春衫袖。 宋·欧阳修 去年元宵夜,花市灯火亮如白昼。月上柳梢,与心上人相约黄昏之后。今年元宵,月与灯依旧璀璨,却不见去年那人,泪沾春衫袖。 青玉案·元夕 东风夜放花千树。更吹落、星如雨。 宝马雕车香满路。凤箫声动,玉壶光转,一夜鱼龙舞。 蛾儿雪柳黄金缕。笑语盈盈暗香去。 众里寻他千百度。蓦然回首,那人却在,灯火阑珊处。 宋·辛弃疾 东风吹开元宵夜的花灯,如千树花开,又似繁星如雨飘落。宝马雕车香气满路,凤箫悠扬,玉壶流光,整夜鱼龙灯舞不息。游女们头戴蛾儿、雪柳、黄金缕,笑语盈盈,暗香远去。我在人群中千百次寻觅那人,蓦然回首,却见她立在灯火阑珊、清冷僻静之处。 〇 札记 元宵佳节,研二下学期的开端,感觉自己今天才刚刚进入状态,换句话说,刚刚从放假的状态回归,坚持学习,坚持锻炼,争取改掉许许多多的坏习惯!保持健康的身体为先,在做自己喜欢的事中学习为次。 → 年终总结 · 2026

2026年3月3日 · June

不远不近

不远不近 作者:刘玄德的作文墙 近了会倦,远了会陌生。不要走近我,也不要离我远去。 这句话,我用了三十年才读懂。 我到现在都记得1998年的冬天,雪漫过了土坯房的门槛。妈揣着卖32个鸡蛋的钱,走了六里雪路去镇上,给我买3块5的新华字典。她回来时裤腿冻得硬邦邦,鞋上的泥结了冰,可怀里的字典用蓝布手帕包着,连个折角都没有,暖乎乎的。那时候,我离她很近。她劈柴,我蹲在门口看;她做饭,我趴在灶台边闻;夜里风吹塑料布窗哗啦响,她把我揣进棉袄怀里。肥皂味混着柴火味。那是我这辈子认定的,最安全、最暖的味道。 ...

2026年2月19日 · June

我的高考·安永全

我的高考·安永全 安永全 晚来有闲,到康杰中学高三的文科班看了看就要面对高考的同学们,或者说是备受磨难的孩子们。三十八年前靠自修两次高考之事涌上心头,多少年来我羞于谈这些事,真的发生过吗?不提也罢,但几天下来却又恍恍惚惚神不守舍,终于还是按捺不住把它写了出来。如果这篇并不优秀,当时的心理也不健全,但确是真实的东西,能为一些同学们增加一点勇气,我将是非常高兴的。 ...

2026年2月19日 · June

卜算子·自嘲

卜算子·自嘲 丁元英《卜算子·自嘲》 本是后山人,偶做前堂客。醉舞经阁半卷书,坐井说天阔。大志戏功名,海斗量福祸。论到囊中羞涩时,怒指乾坤错。 本是山野闲人,偶到前堂充充门面。仗着读过半卷书就高谈阔论,实不过井底之蛙坐井说天。空有大志、戏看功名,想把福祸得失都量个明白,可一到囊中羞涩时,便只会怒指乾坤有错。 乾坤本无错,皆为世人过。贵贱缘尽终有时,皆为地下客。客乃地下坐,奈何福和祸。福祸相依皆有时,休问对与错。 天地本无错,皆因世人自误。富贵贫贱总有尽头,终究都是黄土过客。归于尘土,又何必计较福祸?福祸相依,各有其时,不必追问对错。 未曾清贫难成人,不经挫折永天真。人情似纸张张薄,世事如棋局局新。穷在闹市无人问,富在深山有远亲。不信你看宴中酒,杯杯先敬有钱人。 未历清贫难成人,不经挫折永天真。人情薄如纸,世事新如棋。穷居闹市无人问,富隐深山有远亲。不信且看席间酒,杯杯先敬有钱人。 杯中倒满无情酒,心中再无意中人。看尽人生红尘梦,尝尽人间疾苦情。 杯中满是无情酒,心中已无意中人。看尽红尘繁华梦,尝尽人间疾苦情。

2026年2月17日 · June

马年到

今日除夕,在此祝各位马年大吉! 旧岁至此而除,新年自明旦而始 点绛唇·何处君家 今年见。明年重见。春色如人面。 宋·毛滂 今年相见,明年还要再相会,春光如故人面容般明媚动人。 满江红 年年约,常相见。但无事,身强健。 金·蔡松年 年年相约,常常聚首,只盼平安无事、身康体健。 岁日 一日今年始,一年前事空。 唐·元稹 今日是新年之首,往岁的烦忧皆已翻篇成空。 诉衷情·友人生日 朱颜长似,头上花枝,岁岁年年。 宋·葛胜仲 愿容颜如头上花枝般常驻,岁岁年年,青春不减。 元旦试笔 老去又逢新岁月,春来更有好花枝。 明·陈献章 年华渐老却迎来崭新岁月,春回大地,更有繁花满枝相迎。 别高子勉兄弟 南北奔波岁月催,足间浑未洗尘埃。 休将旧事从头说,且喜新年入手来。 宋·王铚 南北奔波,岁月催人,脚上风尘未净。莫再提往日辛酸,且喜新年已在眼前。 喜迁莺·守岁 待到了,道一声稳睡,明年相见。 宋·史浩 守岁至天明,互道一声安寝,相约来年再会。 木兰花 欢声喜气逐时新,青鬓玉颜长似旧。 宋·晏殊 欢声笑语与喜气时时焕新,青丝朱颜却依然如故、岁月静好。 卜算子 唯愿花心似我心,岁岁长相守。 佚名 唯愿你我心意相通,岁岁年年长相厮守。 少年游·谢家庭槛晓无尘 岁岁年年,共欢同乐,嘉庆与时新。 宋·晏殊 岁岁年年,同欢共乐,吉庆随节令常新。 元日述怀 愿得长如此,年年物候新。 唐·卢照邻 但愿年年如此安好,四时物候岁岁常新。 巳酉元旦 不改山河旧,同瞻日月新。 明·贝琼 山河依旧不改,共同瞻望日月新篇。 诉衷情·海棠 如花似叶,岁岁年年,共占春风。 宋·苏轼 如花与叶般相依,岁岁年年,共沐春风。 去岁千般皆如愿,今年万事定称心 去岁千般皆如愿,今年万事定称心。 宋·释道原 去岁事事遂心如愿,今岁万事定当称心如意。 转调蹋莎行·元旦 从今诸事愿、胜如旧。人生强健,喜一年入手。 元·王寂 愿从今往后诸事更胜往昔,身体强健,喜迎新岁入手。 〇 札记 (此处待填写,详见年终总结) {% assign year_post = site.posts | where: "title", "2026 年终总结" | first %}→ 年终总结 · 2026

2026年2月16日 · June

清平乐·六盘山

清平乐·六盘山 毛主席 天tiān高gāo云yún淡dàn,望wàng断duàn南nán飞fēi雁yàn。 不bú到dào长cháng城chéng非fēi好hǎo汉hàn,屈qū指zhǐ行xíng程chéng二èr万wàn。 六liù盘pán山shān上shàng高gāo峰fēng,红hóng旗qí漫màn卷juǎn西xī风fēng。 今jīn日rì长cháng缨yīng在zài手shǒu,何hé时shí缚fù住zhù苍cāng龙lóng? ...

2026年2月15日 · June