pairtools处理HIC测序数据
一、scHi-C 核心原理概述 scHi-C(single-cell High-throughput Chromosome Conformation Capture)是单细胞水平的染色质三维空间互作捕获技术,核心目标是解析单个细胞内染色质的多位点同时互作(Chromatin Hub)。 其实验核心原理:通过甲醛交联固定染色质天然空间构象,限制性内切酶切割基因组DNA,对空间邻近的不同染色质区段进行生物素标记与连接,形成跨多个基因组位点的嵌合DNA片段;利用高通量双端测序读取嵌合片段序列,通过生物信息学比对定位片段对应的基因组坐标,最终还原染色质的真实空间接触关系。 区别于群体细胞Hi-C,scHi-C 高度依赖**嵌合read(chimeric read)**的捕获与分析,这是识别单细胞多位点互作的核心数据特征。 ...
