生信读博导师/实验室推荐清单（多组学整合方向）

给自己留一份读博选校选导师的底稿。

我的技能栈是 RNA、ATAC、HiC、空间转录组（ST）以及它们的整合分析，也做 GWAS、RIC-seq，bulk 和 single-cell 都碰；几乎没有算法基础，有一点深度学习基础，数学还可以。所以筛选逻辑是：方向要和多组学整合对口，同时优先统计/数学背景的组——数学是我的优势，不去和 CS 出身的人硬卷算法。

按地区整理，每位都附了主页，方便之后逐个翻论文。

上海

复旦大学

• 钱斌治｜人类表型组研究院特聘教授，时空组学整合研究中心主任。方向是空间组学、肿瘤微环境、多组学整合，爱丁堡背景。偏生物学问题驱动，对算法基础要求友好，和我做的 ST 整合完全对口。主页：https://hupi.fudan.edu.cn/d3/d1/c53320a775121/page1.htm
• 鲍峰 Feng Bao｜生物医学工程与技术创新学院。做多模态信息融合（转录组、蛋白组、空间、成像）、自监督学习和调控网络因果推断，组里明确招 ML/医学/生物背景的学生。主页：https://fbao-fudan.github.io/
• 原致远｜类脑智能科学与技术研究院长聘副教授，空间组学整合研究中心副主任。做计算空间组学、生命科学基础模型、AI 虚拟器官，8 篇 Nature Methods。方向极火，但导师是清华自动化出身，对编程要求高，需要补 DL 工程能力。
  • 教师主页：https://istbi.fudan.edu.cn/info/1774/4702.htm
  • 个人主页：https://ystlab.github.io/YuanSTLab/

上海交通大学

• 郑小琪｜医学院公共卫生学院教授，单细胞组学与疾病研究中心生信平台主任。做单细胞及空间转录组的统计建模和算法、生物医学大模型，发过 Genome Biology、Genome Research、PNAS。统计建模方向对"数学好、算法弱"最友好，重点关注。主页：https://www.shsmu.edu.cn/sph/info/1131/2438.htm
• 段斌｜系统生物医学研究院 PI。机器学习 + 系统生物学，做肿瘤微环境里基因型→分子表型→临床表型的整合，刘琦教授博后，正在招博士生。主页：https://binduanlab.org.cn/
• 辛弘毅｜溥渊未来技术学院 Novellab。做单细胞与空间转录组的几何建模方法，RECOMB 2026 中了两篇。几何建模吃数学但不太吃纯算法，算是差异化方向。介绍：溥渊未来技术学院

同济大学

• 王晨飞 Chenfei Wang｜生命科学与技术学院生物信息系教授。做单细胞和空间多组学的计算算法与大规模挖掘、基因调控和细胞互作网络，Dana-Farber 刘小乐实验室博后。实验室明确写"用 AI 建模单细胞空间多模态数据"，分析型背景友好，重点关注。主页：https://wanglabtongji.github.io/

上海科技大学

• 丁涛｜数学科学研究所助理教授。做空间转录组跨分辨率/跨模态对齐（GALA），统计建模出身。数学所做空间组学统计方法，正好扬长避短。
  • 教师主页：https://ims.shanghaitech.edu.cn/2024/0709/c4741a1098329/page.htm

中国科学技术大学

• 瞿昆 Kun Qu｜生命科学学院教授。做生物信息学、单细胞测序和空间转录组技术开发、精准医学，斯坦福生物信息中心主任出身，引用 7000+。组里方法和应用并重，分析技能能直接用上，近期还做了空间表观组去噪算法 SPEED，重点关注。实验室主页：http://qulab.ustc.edu.cn/

中科院研究所

上海营养与健康研究所（计算生物学重点实验室）

• 李虹｜研究员、国家优青，系统生物学研究组组长。做多组学多模态数据整合的 AI 方法、单细胞和空间组学解析，肿瘤和肝纤维化方向，Cancer Cell、Cell Stem Cell、Genome Biology 60+ 篇。方向描述几乎就是我的技能栈，重点关注。主页：https://lihonglab.github.io/
• 邵振｜研究员。做表观组、蛋白质组、顺式调控组的定量比较与整合分析统计模型、肿瘤基因组。统计建模路线，数学友好。主页：https://people.ucas.ac.cn/~0028000
• Andrew Teschendorff｜研究员，计算系统基因组学 PI。爱丁堡数学物理出身，做表观组整合和网络生物学，组里偏数学建模，数学背景是加分项。主页：https://people.ucas.ac.cn/~0029989

生物物理研究所

• 薛愿超｜研究员、国家杰青。RIC-seq 技术的发明人，做非编码 RNA、RNA 结合蛋白和转录调控，综合用 RIC-seq、HiChIP、CUT&Tag。我做过 RIC-seq 分析，这是独家差异化优势，最优先联系。主页：https://people.ucas.ac.cn/~0036428
• 方显杨｜研究员。做 RNA 整合结构生物学、RNA 高级结构解析整合技术、靶向 RNA 药物，干湿结合。
  • 中文主页：http://ibp.cas.cn/rc/fxy/202411/t20241108_7436395.html
  • 英文主页：http://english.ibp.cas.cn/sourcedb/rck/EN_xsszmA_G/202208/t20220831_341416.html

分子细胞科学卓越创新中心（生化细胞所）

• 陈玲玲｜研究员、国家杰青、EMBO 外籍会士。中国 RNA 生物学领军人物，做长非编码 RNA 和环形 RNA，组里有计算生物学方向（RNA 动态结构、修饰 RNA 三代测序）。注意：近年目录显示她组偏硕转博，外招要先邮件确认。
  • 教师主页：http://www.cemcs.cas.cn/sourcedb/zw/pi/202008/t20200823_5670125.html
  • 实验室主页：https://chenlab-rna.sibcb.ac.cn
• 高栋｜研究员。用类器官 + 单细胞多组学 + 空间多组学 + 谱系示踪研究肿瘤细胞可塑性，生信整合是组里核心手段，发过 Nature Genetics。
  • 教师主页：http://www.cemcs.cas.cn/sourcedb/zw/pi/202008/t20200823_5670079.html
  • 实验室主页：https://www.sibcb.ac.cn/gaolab/
• 任捷｜研究员（2026 年初刚从北京基因组所调入）。做 RNA 与染色质动态调控，Cell 两篇、Cell Stem Cell 三篇。正好覆盖 RNA + HiC + ATAC，新调入招生积极。主页：http://cemcs.cas.cn/sourcedb/zw/pi/202602/t20260210_8142922.html

北京基因组研究所（国家生物信息中心）

• 徐晨欢｜研究员。做三维基因组学、表观遗传学、转录调控，HiC + ATAC + 转录调控核心技能全覆盖。主页：https://big.cas.cn/sourcedb/zw/zjrc_/zg/202312/t20231227_6930890.html
• 张治华｜研究员。做计算系统生物学、进化、AI 与三维基因组，冷泉港博后。主页：https://www.big.ac.cn/sourcedb/zw/zjrc_/yjsds/202312/t20231227_6930978.html

新加坡

• Jinmiao Chen｜Duke-NUS 副教授。方向就是 “AI-powered single-cell and spatial omics for precision medicine”，和我的背景完全对口，新加坡奖学金待遇好，重点关注。
  • 教师主页：https://www.duke-nus.edu.sg/directory/detail/chen-jinmiao
  • 导师名录：https://www.duke-nus.edu.sg/education/our-programmes/phd/ibm-phd/thesis-mentors
• 张阳 Yang Zhang｜NUS 计算机学院与医学院终身教授，AI for Science 主任。做生物大分子结构预测、序列设计、AI 驱动药物研发。想往 AI 转型可以考虑，但对算法工程要求高。
• Xiaotao Shen｜NTU Nanyang Assistant Professor，Computational Omics Lab。做多组学计算方法（代谢组、微生物组、衰老、精准医学），新 PI 经费足、指导细。主页：https://www.shen-lab.org/

香港

香港大学

• 黄源华 Yuanhua Huang｜生物医学学院 + 统计与精算学系副教授。做统计机器学习 + 单细胞基因组，清华本科、爱丁堡博士、剑桥/EBI 博后。统计系 joint appointment，数学氛围浓，对"数学好算法弱"极其友好，重点关注。主页：https://statbiomed.github.io/

香港中文大学

• 林志翔 Zhixiang Lin｜统计及数据科学系。做时空转录组整合（STIFT 方法）和统计建模。统计系做空间组学整合，扬长避短，港中文统计系亚洲顶级，重点关注。
  • 教师主页：https://www.sta.cuhk.edu.hk/peoples/zxlin/
  • 实验室主页：https://linzx06.github.io/lab_website/
• 孙昊 Hao Sun｜港中文（深圳）瓦谢尔计算生物研究院。做 scATAC、scRNA、scDNA 单细胞多组学、衰老、三维基因组、非编码 RNA，技能栈几乎全覆盖；诺奖得主 Levitt 领衔，且在深圳生活成本低。
  • 科研助理项目招聘页：https://www.cuhk.edu.cn/zh-hans/recruitment/17659
  • 孙老师主页：https://med.cuhk.edu.cn/teacher/1118

香港城市大学

• 蔡铭轩 Mingxuan Cai｜生物医学系助理教授。做空间和单细胞转录组整合（SpatialScope，深度生成模型），Nature Communications 2023，和 ST + sc 背景对口。
  • 教师主页：https://scholars.cityu.edu.hk/en/persons/mingxuan-cai(b60cbd26-d687-468d-8c72-a92b2c5e6cb1).html
  • 个人主页：https://mxcai.github.io/
• 陈家骏 Ka-Chun Wong｜计算机科学系副教授。做空间转录组、深度学习、调控基因组学，有 GRF 项目支持。主页：http://bioinfo.cs.cityu.edu.hk/

香港理工大学

• 章伟雄 Weixiong Zhang｜高等研究院副院长，生物信息学与整合基因组学讲座教授。AI + 系统生物学 + 整合基因组，华盛顿大学圣路易斯教授出身，讲座教授资源足。主页：https://www.polyu.edu.hk/academicians/our-distinguished-scholars/zhang-weixiong/?sc_lang=sc

香港科技大学

• 王吉光 Jiguang Wang｜生命科学部，Wang Genomics Lab。做数据科学驱动的癌症进化基因组学，Nature Genetics 两篇。主页：https://wang-lab.hkust.edu.hk/

优先级备忘

按"匹配度 + 对我背景的友好度"排第一梯队：

1. 薛愿超（生物物理所）——RIC-seq 发明人，独家优势
2. 郑小琪（上交医）、黄源华（港大）、林志翔（港中文）——统计/数学路线，避开算法短板
3. 李虹（营养健康所）、王晨飞（同济）、瞿昆（中科大）——多组学/空间组学方向完全对口
4. Jinmiao Chen（Duke-NUS）——想出国的首选

几条提醒留给未来的自己：

• RIC-seq 分析经验是核武器，全国做深度分析的人极少，套磁时一定要讲透。
• 数学好算法弱，就优先统计系/统计建模背景的导师，别去纯 CS 组陪跑。
• 陈玲玲组注意招生限制（偏硕转博），先问名额。
• 新 PI（段斌、任捷、Xiaotao Shen、蔡铭轩）招生积极、指导细、容易出成果，也是好选择。
• 套磁重点展示对数据的理解和生物学解读，附自己做过的多组学分析项目，而不是去拼算法。